יחידת הקדטים מאורגנת במבנה היררכי לפי שכבות גיל, וכל תפקידי הפיקוד בה מוטלים על הקדטים, בחלקם לפי מינוי ובחלקם לפי תורנות. התלמידים עצמם מנהלים את סדר היום בביה"ס מרגע ההשכמה ועד כיבוי האורות, ודואגים לסדר, למשמעת ולניקיון הפנימייה וכיתות הלימוד.
בעלי התפקידים ביחידת הקדטים
בראש יחידת הקדטים עומד משיט, תלמיד כיתה י"ב, ועוזריו וממלאי מקומו הם השליש וסגן המשיט. השלושה מתמנים לתפקידם על ידי סגל מחלקת ההדרכה ומפקד הקדטים (מנהל הפנימייה) לכהונה של שליש שנת לימודים.
תפקיד המשיט לפקח על קיום שגרת היום בפנימייה בהתאם להוראות הקבע והנהלים של יחידת הקדטים, לערוך את מסדר הבוקר, להקפיד על הופעה מסודרת ונאה של הקדטים בשטח ביה"ס ולמנות בעלי תפקידים ותורנים שבועיים. השליש אחראי לכל נושא המנהלות של יחידת הקדטים וממלא את מקום המשיט בהעדרו וסגן המשיט אחראי לכל נושא איכות הסביבה, משמש כיו"ר ועדת ניקיון ויו"ר ועדת בטיחות ובטחון.
על כל אחת מכיתות ביה"ס מפקד קדט ראשון, האחראי לסדר, למשמעת ולניהול שגרת היום של כיתתו. הקדטים הראשונים של כיתות ט' ו-י' מתמנים על ידי מפקד הקדטים מקרב תלמידי כיתות י"ב לכהונה של חודש וחצי לערך, ונמנים עם בעלי התפקידים הבכירים והנכספים ביותר.
שלא כמו בעלי התפקידים האחרים ביחידת הקדטים, הם מתנסים בפיקוד על קבוצת תלמידים צעירים מהם, ומלווים ומנחים אותם בכל הפעילויות שמחוץ לכיתות הלימוד: במגורים, בהכנת השיעורים, במסעות ובהפלגות, במסדרי בוקר, בהשכמה ובכיבוי אורות, בביקורות ניקיון, בפעילויות חברתיות ועוד. תפקיד זה מתאפיין בקשר האישי שיוצר הקדט הראשון עם התלמידים הסרים לפיקודו, בתרומתו האישית לחינוכם, בעזרתו להצלחתם, ובהנחלה ל"דורות הבאים" את דפוסי המסורת וההתנהגות הנהוגים בבית הספר. תוך כדי התמודדות עם הבעיות השונות בהן הוא נתקל במילוי תפקידו, רוכש הקדט הראשון ניסיון פיקודי רב ערך ומעשיר את אישיותו.
עוזרו של הקדט הראשון הוא הקדט השני, המתמנה על ידי המשיט מקרב תלמיד הכיתה לתורנות של שבוע ימים. זהו התפקיד הפיקודי הזוטר ביותר ביחידת הקדטים.
הפיקוד על כיתות י"א-י"ב, לעומת זאת, מסור בתורנות לידי קדטים ראשונים ושניים מקרב הכיתות עצמן, כלומר הקדטים מפקדים על חבריהם לכיתה. הקושי במילוי תפקיד זה הוא הפעלת סמכות פיקודית מבלי לפגוע בקשרי החברות, ומשימה זו אינה קלה כלל ועיקר.
המשמרת התורנית
שגרת היום בפנימייה מנוהלת על ידי משמרת תורנית מקרב התלמידים. קדט המשמרת הוא התורן הבכיר, האחראי לניהול סדר היום של יחידת הקדטים למשך יממה אחת. הוא מתמנה על ידי המשיט מקרב תלמידי כיתה י"ב, ומינויו מתפרסם בפקודות השגרה.
קדט המשמרת מפקח על ההשכמה, דואג לסדר בחדר האוכל בזמן הארוחות, עורך את מסדר הבוקר יחד עם המשיט ובודק את הופעתם של תלמידי כיתות י"א, עורך ביקורת במגורים ובכיתות הלימוד, מרכז את דו"ח הנעדרים ממסדר בוקר ומכיבוי אורות, אחראי על עריכת כיבוי האורות בכל הכיתות, ומפקח על קיום הוראות הקבע והנהלים של יחידת הקדטים.
קדט המשמרת מונחה בתפקידו על ידי המדריכים התורנים, והוא נעזר בקדט משמרת זוטר, תלמידי כיתה י"א, המתמנה אף הוא לתורנות של יממה אחת. עיקר תפקידו של הקמ"ז להשכים את בעלי התפקידים, לפקח על מסדר החולים היומי ולסייע לקדט המשמרת בכל שיידרש.
